Мальта
Единственным утешением послужила удобная гавань, впоследствии названная Большой. Расширенная и благоустроенная, в обновленном виде она сыграла существенную роль в развитии мальтийского флота.
Водное пространство залива делилось на части с помощью трех полуостровов. Оконечность одного из них занимал город Сенглеа, защищенный фортом Сан-Микаэль. Пустынные берега полуострова-горы Сцеберрас охранял форт Сан-Эльмо, названный в честь похожего укрепления на Родосе. Прикрывая вход в гавань, он препятствовал обстрелу крепости Биргу, стоявшей на третьем полуострове, за каменными стенами форта Сан-Анжело. Именно этот крошечный город глава ордена выбрал для устройства своей первой резиденции.
Разместив штаб-квартиру на побережье, братья отделились от мальтийской аристократии, обитавшей в Мдине, расположенной в глубине острова. Благородная древность старой столицы перекликалась с происхождением ее жителей, большинство из которых считали себя потомками знатных финикийских семейств. Новые хозяева тоже гордились своей родовитостью и могли быть достойными соседями местных, однако те, обиженные невниманием папы, сотрудничать с непрошеными гостями отказались.
С XVI века Средиземноморье являлось ареной морских войн, важную роль в которых сыграли орденские мореходы. Прибыв на новые земли, они располагали небольшой флотилией, состоявшей из военного корабля «Санта-Анна», галер «Сан-Джованни», «Санта-Мария Витториозо», «Аквилла» и нескольких торговых судов. Примерно через 5 лет орденский флот вновь обрел былую мощь. Большой галеон в окружении галер трижды в год выходил в патрульное плавание по Средиземному морю. Немного позже вход в Большую гавань от форта Рикасолли до форта Сан-Эльмо был перекрыт железной цепью.
Тогда же устав ордена был дополнен пунктом о том, что в братство допускаются воины, не менее трех лет участвовавшие в морских походах. Титульный лист этого документа украшал личный герб Вилье де Лиль Адама, по обычаю соединенный с гербом ордена. В 1535 году иоанниты осадили и взяли штурмом турецкую крепость Гулетта, где находился арсенал Барбароссы.